La colombiana ganó sus tres mangas de clasificación siendo la mejor corredora en clasificarse a las semifinales junto con la estadounidense Alise Willoughby. Junto con la medallista olímpica de Londres 2012 y Río 2016.
La colombiana arrancó las pruebas semifinales a las 9 de la noche, hora Colombia, tras un retraso de 45 minutos, provocado por la lluvia que cubría a Tokio, la antioqueña partió desde el cuarto carril rezagándose en la primera mitad de la carrera, situación que se podría relacionar con la caída de Willoughby y Claessens y que la obligó a reposicionarse en el grupo. Eso, sin embargo, no fue obstáculo para reina del BMX, que logró tomar impulso y salir de la sexta posición en la entrada del tercer peralte, para apropiarse de su ya esperado primer lugar.

La historia se repitió en la segunda carrera, donde Mariana no dudó en demostrar por qué es conocida por sus arranques apabullantes: se tomó la primera posición desde el primer segundo, cediéndolo sólo por un momento durante la segunda sección de morros ante la holandesa, para recuperarlo rápidamente en la curva siguiente, tomando la delantera en compañía de la danesa que llegó desde atrás. Con esto, y por matemática, la colombiana se clasificó sin problemas a la ronda semifinal.
Esas dos presentaciones perfectas no fueron suficiente para Mariana, que entró a la tercera ronda con toda la fuerza que la caracteriza: tomando el primer lugar desde la largada, riñendo nuevamente con Smulders y Christensen, a quienes les sacó ventaja después de la segunda curva.
Colombia cerró una jornada con dos metales en esta disciplina, tras el bronce obtenido más temprano por Carlos Ramírez, quien también repitió tras haber ganado la misma presea en Río.
Pajón tuvo una actuación destacada, teniendo en cuenta que en la preparación para los Olímpicos sufrió una ruptura de ligamento cruzado en su rodilla. Tuvo que esperar hasta último momento para asegurar su clasificación y ahora vuelve a subirse a un podio olímpico.
Mariana es la segunda mujer latinoamericana en conseguir tres medallas olímpicas en deportes individuales, después de la brasileña Mayra Aguiar, que logró tres bronces en judo. Sólo otros dos deportistas de esta parte del mundo, los boxeadores cubanos Teófilo Stevenson y Félix Savón, habían conseguido tres metales, todos de oro. La ciclista recibió las felicitaciones del presidente del país, Iván Duque. Y todo Colombia desborda de alegría con la performance de Pajón.